Kinh tế của huyện chủ yếu là nông nghiệp. Ngoài ra các xã ven biển có nghề làm muối, nuôi trồng và đánh bắt thủy hải sản. Công nghiệp chưa phát triển, các làng nghề tiểu thủ công nghiệp chỉ nổi tiếng trong địa phương ít tạo được thương hiệu lớn. Một số di tích lịch sử và tự nhiên tuyệt đẹp nhưng chưa được chú ý để phát triển du lịch.

Hiện nay công nghiệp ở huyện Phù Mỹ đang hình thành và phát triển:Các cụm công nghiệp đã hình thành:1- Cụm công nghiệp Diêm Tiêu (thị trấn Phù Mỹ).2- Cụm công nghiệp Bình Dương (thị trấn Bình Dương).3- Cụm công nghiệp Đại Thạnh (xã Mỹ Hiệp).